Vào thế kỉ 19 và đầu thế kỉ 20 triều Nguyễn độc tôn Nho học. Do đó mặc dù các chùa trong nước rất nhiều, nhưng hoạt động riêng rẽ, không có một tổ chức, hệ thống liên lạc chặt chẽ với nhau, sự giao lưu phát triển về Phật học cũng suy giảm.

Đặc biệt dưới thời Pháp thuộc, Việt Nam bị chia làm ba miền, và chính quyền Bảo hộ tìm mọi cách phát triển Công giáo, thì Phật giáo Việt Nam càng bị chèn ép. Một số ngôi chùa lớn cũng bị phá hủy, Viện Viễn Đông Bác Cổ sưu tập các tài liệu, di vật nhưng không với mục đích truyền bá Phật giáo cũng góp phần làm suy giảm các kinh sách tại các chùa.

Tuy nhiên, một số giới Nho sĩ cũng dần quay lại với Phật giáo, cùng chung mục đích chống Pháp.